Dựa trên 16S rRNA ribosome, ITS1, ITS4, ITS5 và theo trình tự yêu cầu. Các bước tiến hành phân tích:

- Thiết kế mồi dựa trên vùng trình tự bảo tồn

- Nhân bản đoạn DNA nằm trong vùng cần phân tích bằng kỹ thuật PCR

- Kiểm tra và tinh chế sản phẩm PCR

- Giải trình tự

- Phân tích mức độ tương đồng của đoạn DNA được xác định trình tự với trình tự đã công bố

- Vẽ cây phát sinh loài